前作TVシリーズ『攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX』の続編。
1話完結という形を踏襲しつつ、「招慰難民」や「核」を巡る政治的謀略に立ち向かう9課の姿が描かれ、敵対するキャラクターとして「内閣情報庁」そして「個別の11人」と名乗るテロリスト等が登場。草薙素子をはじめとする公安9課の新たなる戦いが、再び始まる。